No hay un tratamiento antiviral específico contra el virus que produce la fiebre hemorrágica de Crimea-Congo, aunque se han realizado ensayos en este sentido con la ribavirina. Algunos estudios sugieren que podría ser beneficiosa, aunque en general son ensayos poco rigurosos desde el punto de vista metodológico. Aun así se suele utilizar para el tratamiento de los afectados, si bien se debe vigilar la posibilidad de aparición de anemia hemolítica como efecto secundario a su uso.

Según los expertos, el tratamiento de la fiebre hemorrágica Crimea-Congo es pues, fundamentalmente, de soporte. Las personas que presentan síntomas de padecerla enfermedad suelen precisar de ingreso hospitalario. Es importante mantener un aporte de fluidos adecuado. Algunos pacientes pueden necesitar ventilación mecánica, diálisis, y fármacos que ayuden a mantener los niveles de tensión arterial. A menudo puede ser necesario transfundir plasma o plaquetas. Se puede utilizar el paracetamol para el dolor y la fiebre, pero la aspirina y otros antiinflamatorios deben evitarse porque pueden favorecer el sangrado.

Se deben instaurar medidas de aislamiento para evitar el contagio de la fiebre hemorrágica de Crimea-Congo al personal sanitario. La habitación debería ser individual y de aislamiento; habrá lugares donde esto no sea posible y se practique el aislamiento por cohortes (es decir, ubicar pacientes con la enfermedad en la misma habitación). El personal que le atienda (o las pocas visitas que se permitan) debe usar mascarillas, guantes, equipos de protección de la cara…

El aislamiento se debe mantener al menos tres días más tras la desaparición de los síntomas si las plaquetas y la coagulación de la sangre son normales. Idealmente se debería comprobar que la PCR del virus en sangre sea negativo. Las zonas contaminadas por el virus se deben limpiar con una solución que contenga lejía al 1%, o al 10% si se trata de superficies con sangre o fluidos corporales del paciente.

Para evitar la fiebre hemorrágica de Crimea-Congo es importante evitar la picadura de garrapatas o el contacto con sangre y fluidos de animales. Las personas que vivan en zonas endémicas o que viajen a ellas deberían usar ropas con perneras y mangas largas si están en lugares con presencia de garrapatas como bosques o matorrales. El DEET es un repelente que aplicado sobre la piel protege de las garrapatas.

Si se encuentra una garrapata enganchada, no hay que manipularla con las manos desnudas y debería retirarse con unas pinzas especiales en un centro de salud u hospital, y luego limpiar la piel con antiséptico. No hay ninguna vacuna claramente eficaz ni aprobada de forma generalizada para su uso. En Bulgaria se ha utilizado una vacuna que requiere múltiples dosis y que no es muy eficaz.