La supremacía de Yamaha en Misano ha quedado refrendada con la pole de Maverick Viñales y con el posicionamiento de tres monturas de la fábrica de Iwata en las dos primeras líneas de la parrilla de salida. El piloto español ha logrado el mejor crono en el último giro para lograr su segunda pole de la temporada, tras la conseguida en Qatar, y sumar ocho en MotoGP. Y todo, a pesar de que sus planes se vieron desbaratados al inicio de la sesión de clasificación cuando, antes de que se apagara el semáforo rojo, él, Rins y Morbidelli se situaron detrás de Márquez para seguir su rueda. El piloto del equipo Repsol Honda, en cuanto se dio cuenta de los planes de sus rivales, cortó gas para que le superaran.
Mientras esto sucedía, Fabio Quartararo había logrado el mejor tiempo en su primera vuelta lanzada volviendo a mejorar en la segunda. El piloto francés era el gran favorito para hacerse con la pole en Misano después de ser el más rápido en el test celebrado hace dos semanas, pero se tuvo que conformar con la tercera posición después de que Maverick Viñales y Pol Espargaró mejoraran su registro.
Al final, Marc Márquez y Valentino Rossi se convirtieron en los protagonistas de una sesión de clasificación en la que volvieron a las andadas en los compases finales. El español superó al italiano pero después pisó la zona verde, por lo que su vuelta iba a ser anulada. En lugar de cortar gas, siguió a su ritmo y la respuesta de Rossi en forma de adelantamiento llegó poco después. Acto seguido, Márquez se la devolvió al italiano pero de forma tan ajustada que tuvo que recurrir a sus propios reflejos para no impactar. El líder de MotroGP levantó la mano izquierda para pedir disculpas a Rossi, quien protagonizó el mismo gesto.
Pese a todo, Dirección de Carrera llamó a ambos pilotos para recoger sus testimonios y determinar si merecen una sanción tras finalizar quinto y séptimo, respectivamente.