Aegean informó de que la compañía se ha visto "obligada a suspender temporalmente la ruta debido a las restricciones bancarias sobre los movimientos de divisas que afectan a su viabilidad".
Las rutas desde Atenas a Teherán y viceversa dejarán de operar a partir del próximo 11 de octubre.
La compañía ha ofrecido a todos los pasajeros en posesión de billetes el reembolso completo del dinero.
En agosto también la holandesa KLM y British Airways cancelaron las rutas hacia Irán, citando "resultados negativos y perspectivas financieras para la operación de Teherán".
Air France, por su parte, redujo los vuelos a Teherán a la temporada de verano, mientras que Lufthansa, Austrian Airlines y Alitalia son las únicas aerolíneas de la Unión Europea que todavía ofrecen vuelos directos a la capital iraní.
Tras abandonar en mayo el acuerdo nuclear con Irán, la Administración de Donald Trump reintrodujo en agosto una serie de sanciones contra ese país.