En 1698, de los astilleros de Mapil, en Ursubil (Guipúzcoa) salieron para Cádiz los que serían los dos últimos galeones de la flota de Tierra Firme, el San José y el San Joaquín. Mercantes adaptados para la guerra, el San José podía embarcar hasta setenta cañones, pero finalmente fue dotado con 26 de 18 libras, 26 de diez, y entre 8 y 10 de seis. En todo caso, un formidable armamento que, sin embargo, se temía que fuera poco eficaz al ir embarcado en un buque que, por su propia naturaleza, no podría maniobrar con agilidad en caso de entrar en combate. Pocos años después, desgraciadamente, se vio que el temor estaba más que justificado.
El estallido de la Guerra de Sucesión entre los partidarios de Felipe V, que contaba con el apoyo de Francia, y del archiduque Carlos de Austria, apoyado por una Inglaterra que esperaba sacar tajada de las posesiones españolas en ultramar, precipitó a la ya exhausta Corona española a unos gastos asfixiantes que se vieron aumentados por el bloqueo que la flota inglesa hizo de las rutas por las que fluían las riquezas coloniales hacia la Península.
Así, en 1701 los galeones ya estaban listos para partir hacia América, pero el desarrollo de la guerra hizo que se fueran sucediendo los años sin que los barcos se movieran, lo que obligaba a estar tirando continuamente al mar los víveres estropeados con los que eran avituallados y a ir licenciando a las sucesivas tripulaciones. Entre medias, los galeones participaron en 1702 en la expulsión de la flota de Rooke en su intento de atacar Cádiz, quien en su retirada acabaría obligando a los francoespañoles a hundir los otros galeones refugiados en Vigo en la conocida como batalla de Rande.
La batalla de Cádiz fue dirigida por José Fernández de Santillán, quien fue nombrado por ello conde de Casa Alegre y puesto al frente de la flota de Tierra Firme, que por fin se hizo a la mar en 1706, con el San José al frente como nave capitana. Los buques llegaron a Cartagena de Indias, y poco después se dirigieron a Portobelo, donde era costumbre organizar una feria que servía para comerciar con los bienes traídos desde España, con el fin de recaudar fondos para la Corona.
La organización de la feria fue caótica, entre otras cosas porque el virrey Castelldosríus tenía sus propios entramados corruptos con los comerciantes locales, con los que compartía los beneficios del contrabando. A pesar de todo, finalmente la flota logró partir de vuelta a Cartagena de Indias con las bodegas repletas: el San José llevaría a bordo, según las fuentes, entre 7 y 11 millones de monedas de ocho escudos en oro y plata, por un valor de 105 millones de reales (según los cálculos, entre 2.000 y 5.000 millones de dólares actuales), más otras joyas y riquezas no suficientemente cuantificadas. Otros cálculos duplican y hasta quintuplican esa cantidad.
Lo sorprendente es que, cuando partieron, Casa Alegre ya sabía que la flota inglesa del comodoro Charles Wager les estaba esperando en la cercanía de las costas de Cartagena ¿Por qué aún así se hizo a la mar y no esperó? La explicación comúnmente aceptada era que la flota de Tierra Firme tenía prisa por emprender el camino de vuelta a España antes de que comenzara la temporada de huracanes, ante las peticiones agónicas que venían de Madrid, urgiendo la llegada de los fondos.
La flota hispanofrancesa quedó anclada cerca de las islas Corales del Rosario, frente a la península de Barú. El 8 de junio de 1708, la escuadra inglesa atacó. Erróneamente, pensó que el tesoro iba repartido entre los tres buques más grandes, y al principio se demoraron atacando al San Joaquín, que logró escabullirse aunque con grandes daños. Concentraron entonces todo el fuego sobre el San José, que sufrió una auténtica lluvia de artillería que provocó que, por sorpresa, y cuando sólo quedaban 60 metros para el abordaje, estallara en mil pedazos, dañando incluso al Expedition comandado por Wager, y esparciendo todos sus tesoros, así como los restos de sus 600 tripulantes, por el mar (los ingleses recogerían tan sólo a once supervivientes).
El San Joaquín logró huir a pesar de la persecución enemiga, mientras continuaba el enfrentamiento entre los navíos restantes. Finalmente, la batalla de Barú fue un desastre para ambos bandos: España perdió un precioso oxígeno indispensable para la guerra, mientras que Inglaterra fue incapaz de sacar tajada de ello. En agosto de 1711, el San Joaquín sería finalmente capturado por los ingleses, sin que sirviera de nada que el almirante Villanueva diera su vida en el combate. Sus tesoros fueron transferidos a un navío francés. Acababa así definitivamente la era de los galeones, ya heridos de muerte por el estallido del San José: nada podían hacer esos añejos mastodontes frente a los eficaces nuevos navíos de línea ingleses.