En un trazado donde la pasada temporada se proclamó tricampeón del mundo de MotoGP, Marc Márquez volvió a sufrir la astucia de Andrea Dovizioso después de que ambos protagonizaran otro duelo apasionante que, como en Austria, se decidió en la última curva de la última vuelta. Un mano a mano espléndido sobre el empapado asfalto del Twin Ring Motegi en el que terminó imponiéndose el piloto de Ducati, que iguala las cinco victorias del líder y aprieta la pelea por el título cuando restan tres carreras para la conclusión de la temporada al recortar la diferencia con Márquez a 11 puntos.
El trazado japonés fue el escenario de una de las mejores carreras del curso, donde el piloto del equipo Repsol Honda tomó la salida desde la tercera posición mientras que Dovizioso tuvo que hacerlo desde la novena. Márquez, que tomó la delantera, se vio superado por Jorge Lorenzo al completar el primer giro y antes de que Danilo Petrucci pasara a la acción y se situara en cabeza.
Dovizioso, tras una gran salida, no perdió de vista a su máximo rival en la pelea por el título y se colocó cuarto, justo por detrás de Márquez mientras que Lorenzo perdía fuelle en una carrera en la que finalizó sexto.
Petrucci tiró con fuerza en cabeza y llegó a acumular una ventaja de casi dos segundos gracias a la elección del neumático trasero extra blando, que terminó sancionándole. Sólo habían transcurrido tres vueltas cuando Dovizioso lanzó el primer ataque contra Márquez, que le devolvió la maniobra. El mismo guión se repitió un giro después antes de que Valentino Rossi perdiera matemáticamente todas sus opciones de pelear por el título tras sufrir una caída en la curva 8 cuando ocupaba la octava plaza.
En el ecuador de la carrera Márquez se deshizo de Petrucci para intentar la huida, pero Dovizioso fue capaz de seguir su ritmo y juntos emprendieron la fuga. El piloto de Ducati pasó a la acción cuando restaba cinco vueltas para el final con un adelantamiento a la salida de la curva 5. La respuesta del líder de MotoGP llegó a dos giros para la conclusión cuando superó a su rival, que se la devolvió aunque Márquez consiguió recuperar la primera posición.
Así se llegaron a una última vuelta de infarto, en la que el piloto del equipo Repsol Honda estuvo a punto de irse al suelo en la curva 8. Una situación que fue aprovechada por Dovizioso para volver a engancharse y aprovechar su oportunidad a la salida de la crítica curva 11, una enorme frenada en bajada. Márquez no desistió y lo intentó hasta la última curva, donde entró colado mientras Dovizioso lo superaba para sumar su quinta victoria de unas de las temporadas más apretadas de la historia.