La idea de emular al Creador convirtiendo la materia inerte en vida orgánica ha engendrado una vasta literatura, donde confluyen los nombres de Paracelso, Meyrink y Mary Shelley. Mulisch no oculta su deuda con estos antecedentes, pero recrea el tema, mezclando géneros, parodiando estilos e intercalando reflexiones sobre la creación literaria, el poder de la ciencia y las relaciones humanas. Victor Werker es un químico que crea un ser vivo (un eobionte), recombinando partículas de cristal. La doble hélice de Watson y Crick le revela el alfabeto de la vida, esas cuatro letras con las que se escribe el gran libro del ADN. Werker explora las posibilidades de este lenguaje y, estableciendo nuevas secuencias, consigue fabricar una criatura capaz de reproducirse y con un metabolismo propio. El aliento fáustico de sus investigaciones contrasta con la miseria de su vida privada.

Abandonado por su mujer, intenta recuperar su afecto con cartas dirigidas a la hija que perdieron. Mientras, un colega resentido que no soporta la posibilidad de que le concedan el Nobel, le acusa de no reconocer su participación en el descubrimiento. Werker intercepta una llamada que habla de asesinato e intuye que él sea la víctima.

Mulisch divide su obra en tres actos, parodiando las preceptivas de las poéticas neoclásicas y sustituye la convención del capítulo por una sucesión de documentos que no responden a un orden lógico.El tercer documento del primer acto es una recreación de El Golem (1915), la novela de Gustav Meyrink, donde se crea un homúnculo en un cuarto circular sin puertas. En este caso, el autómata animado por el rabino Lüw no es un nuevo Adán, sino Lilit, la mujer que precedió a Eva y que, tras rebelarse, se convirtió en demonio para sembrar el caos. Tras este episodio, Mulisch describe un salto de cuatro siglos y reparte la acción entre Venecia, Amsterdam y El Cairo. Werker va de una ciudad a otra, impartiendo conferencias e intentando rehacer su vida sentimental. A medio camino entre el thriller, la narrativa experimental y la novela gótica, Mulisch, en la tradición de los grandes escritores centroeuropeos (Kafka, Canetti), convierte El procedimiento en un brillante ejercicio intelectual, donde la literatura recupera su capacidad de expresar una visión del mundo.