El propio Concello de Baiona señala en su página web que el origen del topónimo de Baiona ha sido fuente de debate y origen de "innumerables controversias". A día de hoy, no hay consenso respecto al verdadero origen del topónimo ni respecto a las denominaciones que habrían precedido a la actual, como "Abobriga" o "Erizana".

La explicación más popular defiende que el municipio de Baiona nacería, supuestamente, bajo el nombre celta "Abobriga". Posteriormente pasaría a llamarse con la denominación romana, "Erizana" y, en el siglo XIII, sería el rey Alfonso IX de León el que le impondría su nombre actual. Las leyendas, por su parte, aseguran que la villa de Baiona fue fundada en el siglo 140 d.C por el héroe mitológico Diomedes, quien, según esta versión, le otorgaría el nombre de Abobriga.

En el libro Glaucopis, Boletín do Instituto de Estudios vigueses, el escritor e investigador Salvador Fernández de la Cigoña analiza las distintas teorías en torno al topónimo de Baiona, buscando esclarecer la realidad del origen del mismo. El escritor asegura que, respecto al origen de la villa y de su nombre "se han dicho y escrito infinidad de disparates. Sin el más mínimo rubor se han atribuido a Griegos y Troyanos el origen de esta villa miñorana".

Ni Abobriga, ni Erizana

Fue el escritor y militar romano, Plinio, el que, supuestamente, situó a la antigua Abobriga muy cerca de la actual Baiona en una descripción del territorio de los grovios -un pueblo prerromano y romano que ocupaba la zona de Baiona, Islas Cíes y ría de Vigo-. Sin embargo, Fernández de la Cigoña narra que es realmente complicado asegurar, con los datos de los que disponemos hoy en día, la situación exacta de Abobriga, la supuesta Baiona del pasado. Además, el autor señala que cerca de Baiona no se localizan grandes castros, "lo que hace altamente improbable su radicación en este municipio", indica.

Respecto a Erizana, la que sería, supuestamente, la siguiente denominación que obtendría Baiona, Salvador también niega esta posibilidad. Baiona nunca habría sido Erizana, según el autor habrían sido dos poblaciones completamente distintas. Ambas habrían estado situadas entre el río Baiña y cabo Silleiro, conviviendo en un mismo espacio temporal. La confusión entre Erizana y Baiona, creyéndolas un único territorio, estaría relacionada con la cercanía entre ambas y en que las dos fueron, en diferentes épocas, puertos principales del Val Miñor. También tendría que ver la construcción mitológica, que empapó la historia regional y local a finales del siglo XIX.

Baiona: buen río

Para algunos estudiosos, el topónimo actual podría tener origen celta, derivando de Bayón -espadanas, una planta de tallo largo-, o del indoeuropeo "bai", bahía. Tanto Salvador Fernández como el Concello de Baiona, coinciden en defender que Baiona parte del, también indoeuropeo, "ibai", que significa río o vega, y del "ona", un adjetivo con valor aumentativo, intensivo o expresivo que podría significar "buen". Considerando estas posibilidades, Baiona podría significar "buen río" o "buena vega", "gran río" o "gran vega".

Esta teoría se sustenta teniendo en cuenta el resto de Baionas o Bayonas que existen en el mundo: La bayona francesa, la Bayona norteamericana, la bayona portuguesa o la Bayona leridana, entre otras. Muchas de ellas situadas junto a un río.

Respecto al momento de la historia en el que surgió u obtuvo este nombre, Salvador Fernández de la Cigoña señala que, "Baiona sería un pequeño enclave marinero, a la orilla oeste del río Baiña, y que creemos que ya se conocía antes del siglo X con este nombre".