La Trinidad Valenzera, comandada por don Alonso de Luzón, maestre de campo del Tercio de Nápoles, había participado activamente en el fuego cruzado que enfrentó a la Armada Invencible de Felipe II y la flota inglesa que salió a su paso en el entorno de la península de Portland Bill el 2 de agosto de 1588. También se batió contra las naves enemigas el lunes 8 en el combate de Gravelinas. El fracaso de la empresa del Rey Prudente obligó a la embarcación veneciana a regresar a España bordeando Irlanda, pero se fue a pique a mediados de septiembre por un temporal.
En el momento de su naufragio transportaba a unos 525 soldados y marineros, tras rescatar a parte de la tripulación de una urca que había corrido la misma suerte. Medio centenar murió ahogado y el resto cayó prisionero de las tropas protestantes Tudor que intentaban someter el territorio irlandés. En el camino hasta el castillo de Alliagh, donde buscaban la protección de los aliados católicos, los supervivientes fueron interceptados por un batallón de soldados ingleses y mercenarios. La marinería y la tropa españolas, separadas de los oficiales, fueron víctimas de una masacre hacia el 30 de septiembre. Cerca de 300 hombres fueron desnudados, encañonados con arcabuces y acuchillados.
De la matanza escaparon unos 150 soldados y marineros, de los que muchos lograron regresar a España vía Escocia, amparados por el rey Jacobo VI. El cautiverio de la treintena de oficiales deambuló entre la cárcel de Drogheda, casas particulares de Dublín y Londres o la prisión de Bridewell. La gran mayoría alcanzaría la libertad, tras el pago de un rescate, entre marzo y finales de 1589. Los últimos en ser liberados, en abril de 1591, fueron Rodrigo Lasso, comendador de la Orden de Santiago, y el maestre Alonso de Luzón. Felipe II los canjeó por un destacado soldado y diplomático francés capturado durante el sitio de Amberes, además de pagar 1.650 libras.
En Los prisioneros de la Armada Invencible, el autor desvela el calvario y las "tremendas vivencias" que sufrieron hasta 2.993 hombres apresados en Francia, Países Bajos, Escocia, Inglaterra e Irlanda. De ellos, 1.558 serían liberados, 1.120 asesinados en Irlanda, donde las escasas y débiles fuerzas inglesas practicaron una "política de aniquilación sistemática" —la de la cárcel de Galway fue otra matanza escalofriante y a sangre fría— y 315 fallecieron por otras circunstancias durante el cautiverio.
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Chinchilla dedica más de sesenta páginas a presentar una tabla con las biografías de unos 240 nombres de los más de 750 que ha rescatado de los archivos. A las más conocidas historias de figuras como Pedro de Valdés, capitán de la escuadra de Andalucía, capturado por el infame corsario Francis Drake, se suman ahora otras como la del boticario Lope Ruiz de la Peña, el prisionero con el cautiverio más largo —no alcanzó la libertad hasta marzo de 1597—, o el pequeño de trece años Gonzalo Fernández, que se había embarcado en la Nuestra Señora del Rosario del propio Valdés.
Chinchilla, creador de una web para el estudio y la divulgación de la Armada de Felipe II, formada por 127 naves y 36.690 hombres, también reconstruye fugas dramáticas. Un ejemplo es el de treinta españoles que, durante su traslado desde Drogheda a Londres, aprovecharon la escasa dotación de la pinaza que los transportaba para amotinarse, ahorcar a sus captores y hacerse cargo del velero, con el que pudieron llegar hasta A Coruña.
También merece descubrirse la actitud de los distintos países involucrados hacia los rehenes de la Armada. Felipe II promovió un gran operativo para buscar presos ingleses en las cárceles españolas que pudiesen intercambiarse. Otras vías de rescate fueron la diplomacia o la labor de los servicios de espionaje. La reina Isabel I, al conocer la dimensión de la represión en Irlanda, propuso un indulto para aquellos náufragos que se entregasen a las autoridades. También favoreció a los soldados no españoles, liberados casi de forma inmediata y sin condiciones o bajo la promesa de enrolarse en la Marina inglesa.
El libro dispone de un interesante preámbulo en donde se abordan las controversias sobre el apelativo de "Armada Invencible". Generaciones de historiadores españoles han señalado que se trataba de un jocoso término inglés. Chinchilla explica que el término solo fue utilizado de forma ocasional en Inglaterra y rara vez de forma denigrante, y que se hizo popular en España en el siglo XIX. Tampoco tiene base documental, dice, lo de "Felicísima y Gran Armada". Los papeles originales firmados por los protagonistas hablan de "el armada", casi siempre en masculino.