En el box de Marc Márquez se instaló un silencio sepulcral cuando Dirección de Carrera comunicó que la prueba de Termas de Río Hondo se recortaría a 20 vueltas debido a que Michelin no garantizaba la durabilidad de sus neumáticos y que todos los pilotos estarían obligados a entrar en el pit lane en las vueltas 9, 10 u 11. Una carrera flag to flag que trajo a la mente de todos el error garrafal que cometieron en Phillip Island en 2013, cuando el piloto español disponía de su primera oportunidad para proclamarse por primera vez campeón del mundo de MotoGP en la temporada de su debut en la clase reina. Un error de cálculo cometido por su ingeniero jefe hizo que entrara a cambiar de moto fuera de las vueltas estipuladas por Dirección de Carrera y fuera descalificado.
Márquez, que durante todo el fin de semana no terminó de encontrarse bien con una de sus dos motos, decidió iniciar la carrera con la que menos confianza le daba para afrontar la segunda parte de la carrera con la buena. Una iniciativa que marcó el devenir de una prueba en la que conquistó su primera victoria de la temporada y la vigésimoquinta en MotoGP.
En una salida desde la pole en la que en la primera curva se tocó con Iannone, cayó hasta la cuarta posición aunque antes de completar el primer giro remontó una plaza tras superar a un Lorenzo que rodó por los suelos en la sexta vuelta, cuando en la curva 1 perdió el tren delantero en una carrera en la que nunca se sintió cómodo y marchaba retrasado en la sexta plaza.
Márquez sabía que tenía que apretar los dientes y atacar para cobrar una ventaja que le permitiera hacer el cambio de moto con una cierta tranquilidad. Fue en la tercera vuelta cuando tuvo la oportunidad de superar a Rossi y a Dovizioso para situarse al frente de una carrera en la que entró en el pit lane al final del décimo giro y con el piloto italiano de Yamaha pisándole los talones.
En la segunda parte de la carrera, cambió por completo el panorama para Márquez porque, con la moto que se sentía cómodo, abrió un hueco importante respecto a Rossi, que no terminaba de encontrar el feeling y que se vio descabalgado del podio por los dos Andrea de Ducati. Con Dovizioso por delante de Iannone, el segundo no se quiso conformar con el tercer cajón del podio y terminó por llevarse por delante a su compañero de equipo en la penúltima curva de la última vuelta. Así fue como Il Dottore se volvió a encontrar con en el segundo escalón de un podio que completó Pedrosa.